He implementado formularios ya sea como webparts , sharepoint designer o paginas de aplicación mas precisamente unos 33 en el ultimo proyecto.
Estoy considerando que su sharepoint es un 2010 o 2013 y que no es un sharepoint online / office 365.
Respecto a la organización de permisos depende si van a ser por carpeta, Item o lista.
Si requiere reorganizar la información y el método que utilizaran para gestionar los mismo.
Si desean un flujo de lista , un flujo de sitio , scripts en powershell o directamente lo harán por medio de la interfaz de usuario , luego de la asignación inicial.
Mi consejo es tomémonos un tiempo para definir el modelo de permisos , cantidad de grupos y modo en que se gestionaran antes de realizar el trabajo en si.